生物工程学报

作者：郝泽洲，羊艳玲，赵贺龙，周亮，姚旭峰，吴韬

单位：1.上海理工大学 健康科学与工程学院，上海 200093;2.上海健康医学院医学影像学院附属嘉定区中心医院，上海 201318;3.上海健康医学院协同科研中心，上海 201318

关键词：结构生物学;RNA二级结构;预测;计算生物学;RNA结合蛋白

基金：国家自然科学基金(61971275, 81830052, 82072228, 62376152)；上海市科技委员会地方高校能力建设项目(23010502700)；上海市“科技创新行动计划”优秀学术/技术带头人计划(22XD1401300)

RNA二级结构作为结构生物学研究的重要内容，在维持分子稳定性和调控多种生物学功能中发挥重要作用。由于通过实验方法解析RNA二级结构的过程复杂且成本较高，发展高效准确的预测方法已成为RNA二级结构研究的重要方向。计算生物学作为重要分析工具，为结构生物学提供了理论基础和算法支持，在预测RNA二级结构方面展现出巨大潜力，在生物医学相关领域得到了广泛关注。本文首先综述了RNA二级结构预测的主要计算方法，包括能量方法、多序列方法、传统机器学习方法、深度学习方法和基于三级结构的RNA二级结构预测方法，并对比分析了各类算法的优缺点；然后探讨了相关技术在生物医学领域中的应用，重点对RNA结合蛋白位点识别进行了总结；最后对RNA二级结构预测方法的发展前景进行了展望。本文可为相关研究提供重要参考。

来源：2026年第2期

《生物工程学报》期刊编辑部

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